Қорғалжын көлдері ежелден балыққа бай болған.
Негізгі балық қорлары Есей, Сұлтанкөлді, Көкай және Асаубалық көлдерінде шоғырланған.

Қорықтың ихтиофаунасы 15 түрмен ұсынылған.
Кәдімгі түрлер қатарына шортан (Esox lucius), Шабақ (Rutilus rutilus) және Ақтұқы (Leuciskus idus) жатады.
Мөңкені күміс түрі (Carassius auratus gibelio), қарапайым (алтын) түрі (Carassius carassius), Тұқы (Perca fluviatilis) және Оңғақ (Tinca tinca) саны жыл сайын едәуір өзгеріп отырады.

Соңғы жылдары қорықтың суларына акклиматизацияланған түрлер кеңінен таралып, кейде өте көп мөлшерде кездесуде. Оларға Тұқы (Cyprinus carpio) пен Табан (Abramis brama) жатады.
Бұрын өте сирек кездесетін Көксерке (Stizostedion lucioperca) енді жиірек тіркелуде.
Нұра өзенінде, Қызыл Мешіт кордоны маңында Нәлім (Lota lota) кездеседі.
Фондық балықтардың көл өзендері бойынша таралуы біркелкі. Барлық балықтар жақсы өсу қарқынымен және жоғары қоңдылығымен сипатталады.

Жалпы алғанда, қорықтың ихтиофаунасының жағдайы қанағаттанарлық:
қорекпен қамтамасыз етілуі мен жыртқыш-жемтік арасындағы тепе-теңдік сақталған.

Қорықтың су қоймаларында тіркелген балық түрлері

№	Отбасы (Семейство)	Ғылыми атауы (Латынша)	Орысша атауы	Қазақша атауы
	SALMONIFORMES – Албырттәрізділер
1	Esocidae	Esox lucius L.	Щука	Шортан
	CYPRINIFORMES – Тұқытәрізділер
2	Cyprinidae	Rutilus rutilus L.	Плотва сибирская	Сібір шабағы (Торта)
3		Leuciscus leuciscus L.	Елец обыкновенный	Тарақ
4		Leuciscus idus Linnaeus	Язь	Ақтұқы
5		Tinca tinca L.	Линь	Оңғақ
6		Abramis brama L.*	Лещ (акклиматизант)	Табан (Тыран)
7		Carassius carassius L.	Карась золотой	Алтын мөңке
8		Carassius auratus Bloch	Карась серебряный	Күміс мөңке
9		Cyprinus carpio L.*	Карп (акклиматизант)	Тұқы
10	Cobitidae	Cobitis taenia	Щиповка обыкновенная	Кәдімгі шиповка
	GASTEROSTEIFORMES – Қылқанбалықтәрізділер
11	Gasterosteidae	Pungitius platygaster Kessler	Колюшка девятииглая аральская	Тоғызқылқанды арал майшабақ
	PERCIFORMES – Алабұғатәрізділер
12	Percidae	Gymnocephalus cernua L.	Ерш обыкновенный	Кәдімгі Таутан
13		Perca fluviatilis L.	Окунь обыкновенный	Алабұға
14		Stizostedion lucioperca Linne*	Судак (акклиматизант)	Көксерке
	GADIFORMES – Трескатәрізділер
15	Lotidae	Lota lota L.	Налим	Лақа

 

На численность рыб в заповеднике периодически оказывают сильное влияние заморы, возникающие с периодичностью раз в 7-10 лет. Основная причина заморов — зарастание зимовальных плесов погруженной растительностью, которая в зимний период, разлагаясь, отравляет воду. Возникновению заморов также способствует понижение уровня воды на зимовальных плесах до критической отметки — 1,5м. Причиной этому может быть региональное общее колебание уровня, а также в результате разрушения подпорных плотин.

Практически все водоемы проектной территории эвтрофные (богатые кормами) и за короткие сроки при отсутствии перепромысла и заморов многие виды рыб быстро восстановят свою численность.

В последние годы ихтиофауна заповедника испытывает сильный прессинг со стороны большого баклана, численность которого составляет в последние годы 5000 особей.

Ниже даются некоторые данные по некоторым видам рыб:

Серебряный карась (Carassis auratus gibelio).

Численность этого вида (также и золотого карася) резко упала с 2003 г. Ранее (до 2003г.) доминировал в уловах почти по всем озерам ( до 80 % от улова). В настоящее время (2020г) численность серебряного карася увеличилась на оз. Кокай (20% улова) и оз. Асаубалык (60%) По качественной и количественной характеристике основного стада данного вида, можно судить о гидрологических и гидрохимических показателях водоема. Например, ранее многочисленный на незаморном оз. Асаубалык, в 2012-16гг встречался в нем до 20%, уступив «свое место» карпу.

Также, серебряный карась стал малочисленным (до 20% улова) на заповедном оз. Исей, где удельный вес его от общего состава ихтиофауны в конце 90-х годов составлял около 80%. В маловодные 2000-01гг. на этом не проточном озере наблюдалась гибель малька этого вида, а также, вероятно, происходила и гибель икры или личинок, так как в последующие годы особей первых лет жизни в уловах практически не было. Обычно, основу популяции карася составляют особи 4-5 летнего возраста. В маловодные 2008-10 гг, когда глубина едва достигала 1м, массовые заморы рыбы были здесь ежегодно. Лишь только в 2011 году озеро Есей наполнилось до средних уровней – 180 см. Это озеро наполнилось в аномально многоводный 2015 год до 280 см. По данным пробных уловов в летний период 2017-25 гг., удельный вес серебряного карася на оз. Есей составлял всего около 20%, остальная рыба была: окунь – 20%, щука -10%, карп -1%, язь,лещ -20%, плотва -20%.

Карась, в силу своих биологических особенностей, образует большие стаи в течение всего периода жизни. В то время, как многие другие виды (язь, лещ, плотва) кормятся на участках водоема с погруженной и надводной растительностью в летний период разрозненными стайками и являются постоянной добычей бакланов в основном в осеннее время (октябрь), когда образуют большие скопления. При посещении колоний бакланов в период выведения потомства (июнь-июль) было установлено, что около 60% рациона птенцов составляли караси.

Золотой карась (Carassius carassius).

Единично присутствовал в уловах 2005 года в водоемах бассейна р. Нуры. В 80-е годы ХХ века золотой карась был доминантным видом на внутренних изолированных плесах Коргалжынского заповедника, таких как — Жаманкуль, Табанказа, Большой и Малый Каракуль и др. Эти водоемы характеризуются наличием постоянных массовых заморов в зимнее время. Золотой карась – вид, наиболее терпимый к неблагоприятным условиям и поэтому является зачастую единственным представителем ихтиофауны в таких местах. В последние годы численность золотого карася в Коргалжынском заповеднике резко сократилась по той же причине, что и у серебряного карася – активное потребление его в летний период большим бакланом. Золотой карась является индикаторным видом, состоянием своей численности характеризует водоемы по отношению к заморам.

Линь (Tinca tinca).

После массового замора рыбы в 2013 году, в настоящее время единично встречается на озерах Султанкельды, Кокай. Линь служит ярким индикатором солености и заморности водоемов.

Судак (Stizostedion lucioperсa).

На озерах заповедника, судак до недавнего времени встречался единично. Однако, уже летом 2005 года в заповеднике на оз. Султанкельды судак стал попадать в снасти постоянно, и порой уловы его достигали 2% (август 2005г.). Причем, ловились только трехлетние особи, которые к осени стали достигать 1,5 кг. Как и линь, практически изчез после массового замора рыбы в 2013 году и в настоящее время судак в 2017-25 годах более многочислен на оз. Есей и Султанкельды – до 5% улова.

Остальные представители ихтиофауны распределены по озерам относительно стабильно и резкой пульсации их численности не наблюдается. (Кошкин А.В., 1998, 2004)